在内容上与GB上的红绿两版大体相同，在游戏一开始，玩家可以选择扮演男孩或者女孩，游戏最初有三只口袋妖怪，分别为：妙蛙种子、小火龙与杰尼龟。
进入游戏，照例先是大木博士给介绍口袋妖怪的世界，然后是创建人物和劲敌(以下以“小茂”称呼)，这些大家都非常熟悉了。创建完成后正式开始游戏。
下楼和妈妈对话，然后出门直奔上面的草丛。在快进入草丛时大木博士出现了，把主角带到了他的研究所，然后让我们从右面桌子上的三个精灵球中选择一个作为初始的怪兽。从左到右依次是：妙蛙种
子，杰尼龟，小火龙。主角选完之后博士的孙子小茂也会紧接着选择一个属性克制主角的怪兽。
拿完怪兽之后正准备出去，没想到小茂从身后追上来要求对战。也没什么别的招数，一直使用撞击就能结束战斗(胜负无所谓)。战斗之后主角可以回去和妈妈对话回复一下体力，然后往上走到1号道路。
穿过1号道路来到常磐市，往上的路有个老头挡着过不去，去商店(蓝色屋顶的建筑)和店员对话，她会叫主角把一个包裹给大木博士。
于是回到真新镇，将包裹交给大木博士，之后他会给主角5个精灵球和怪兽图鉴。接下来去研究所上面的博士家，小茂的姐姐会给主角城镇地图。
再次来到常磐市，和刚才挡路的老爷爷对话，他会教主角如何抓怪兽并给了一台教学电视机。这时如果往左走进入22号道路的话会遇见小茂，有一场战斗。去右面的道馆发现没有开门，于是继续往上走
进入常磐森林。
常磐森林里都是虫系的怪兽和训练师，偶尔会遇见皮卡丘。穿过森林后再往上走就到达了尼比市。
在尼比市挑战岩石系道馆，馆主小刚使用的怪兽为LV12小拳石+LV14大岩蛇，战胜他后会得到TM39岩石封。出道馆往右走，会遇到大木博士的助手给主角跑步鞋，之后移动时按B键就可以跑步前进了，
然后来到3号道路。
穿过3号道路和4号道路，见到了一个PC中心，回复一下然后进入右面的月见山。在月见山里主角会第一次会遇到火箭队，到最深处击败一个NPC后可以在两个化石里选一个，左面的是化石盔，右面是
菊石兽(之后可以复活)。
出了月见山往右走到达华蓝市，这里自行车店里的自行车是绝对买不起的。先去挑战道馆，馆主小霞使用的怪兽为：LV18海星星，+LV21宝石海星，击败后会得到TM03水之波动。右上角的人家有
POLICE挡着进不去，先离开这里吧。
往上走马上会遇到小茂，击败他后他会给主角语音检测仪，可以查看遇见过的NPC。到24号道路击败5个NPC后可以得到金珠，之后还要再干掉一个火箭队成员。
一直往右走会见到一个研究所，进去和里面的皮皮对话，然后去调查电脑，跟出现的正辉对话后可以得到枯叶市的船票。
之后再回到华蓝市，发现刚才挡住门的POLICE已经让开了，进入房间从墙上的洞出去到后院会看见火箭队，击败他后可以得到TM28挖洞。然后从后院一直往下走到5号道路，从中间走的话能进入怪兽
饲育屋。走到下面的出口结果被告知禁止通行。从出口右面屋子里的地下通道通过来到6号公路。下一直向下走就能来到枯叶市。
在枯叶市左上的房间对话可以得到破钓竿，在左下的房间和老爷爷对话能得到自行车票，可以去华蓝市换一辆自行车。道馆被树挡着暂时进不去，先去下面的码头坐船。
在船上转一圈会遇到一些训练师，也能拿到不少道具。在船长室入口处会遇见小茂，然后在船长室和船长对话后会得到HM01居合斩，叫怪兽习得就可以斩断挡道的小树了。
下船之后船开走了，用居合斩斩断道馆旁边的树进入道馆挑战。枯叶市的道馆是电系道馆，现在里面的垃圾箱里找到两个开关才能挑战馆主。馆主马志士使用的怪兽为LV21雷电球+LV18皮卡丘+LV24雷
丘。胜利后得到TM34电磁波。
从枯叶市往右走，穿过向右的通道发现路被卡比兽堵住了，所以先进入11号道路上的地鼠洞。
穿过地鼠洞就来到了2号道路。一直往下走进入通道，如果已经抓到了10种以上的怪兽，和里面的助手NPC对话就能得到HM05闪光。
再次来到华蓝市，从被盗的人家后院进去往右走，斩断拦路的小树来到9号道路。一直往右走会见到一个PC中心，回复一下然后进入旁边的岩山隧道，进入隧道后使用闪光就能看到周围了。
穿过岩山隧道后往下走就来到了紫苑镇，进入镇上的幽灵塔，在2楼会遇见小茂，击败他后继续往上走。
塔里遇到的野生怪兽全都是查不到资料的幽灵，无法攻击也无法捕捉，只能逃跑。直到6层出口处遇见幽灵挡住过不去，只好先出塔。
一直往左走但是通道里的守卫不让过，于是走房间里的地下通道到达彩虹市。和城市上方大楼里的老奶奶对话会得到茶，把这个给之前遇到的通道警卫的话就可以通过了。
和下方小屋子里的人说话可以得到代币盒，去游戏厅干掉右上角的火箭队小兵，调查他身后的海报会出现隐藏道路。
先来到地下4层击败那里的小兵得到电梯钥匙，然后来到2层的电梯处，坐电梯到地下4层。
击败守门的两个小兵后进屋遇见火箭队的坂木老大，击败他后可以得到观测镜，这样就能看见幽灵塔里的怪兽了。它使用的怪兽为LV25大岩蛇+LV24铁甲犀牛+LV29袋龙。
然后去挑战这里的道馆，彩虹市的道馆是草属性道馆，馆主莉佳使用的怪兽为LV29大食花+LV29霸王花+LV24蔓藤怪，胜利后得到彩虹徽章和TM19亿万吸收。之后往彩虹市左面走，下面的道路又被卡
比兽挡住了，斩断上面的小树往左走，到一个屋子里和小妹妹对话会获得HM02飞天。
将茶给刚才通道里的的守卫，回到紫苑镇，这下载区幽灵塔就能看到野生的怪兽了。原来之前挡路的是一只嘎啦嘎啦，击败他后上到顶层。
击败几个火箭队小兵后和老人对话会回到他家，再和他对话就能得到怪兽笛，去之前卡比兽挡道的地方使用就能将它叫醒。
接下来可以往左走去金黄市，也可以往下走去浅红市，这里选择的是先去金黄市。金黄市有两个道馆，右面的暂时由火箭队挡着不让进，可以先去挑战左面的格斗系道馆(但是没有徽章)。击败馆主后可
以从他身后的两只怪手里选择一只，左面的是沙瓦郎，右面是艾比郎。
进入市中心的希鲁夫公司大楼，先到5楼(可以走楼梯也可以坐电梯)在最下面得到钥匙卡，然后去3楼开启之前关着的门。
踩里面的传送地板来到7楼，会遇见小茂来挑战。击败他后和他身边的NPC对话可以得到一只乘龙。
然后走下面的传送地板到11层，击败那里的坂木老大后和社长对话可以得到大师球。
出来后发现市里的火箭队都消失了，可以去挑战道馆。超能系馆主娜姿使用的怪兽是LV38勇吉拉+LV37吸盘魔偶+LV38末入蛾+LV43胡地。击败她后可以得到金黄徽章和TM04冥想。之后从紫苑镇往下
走，在12号道路上使用怪兽笛叫醒卡比兽，在下面的房子中可以得到超级钓竿。
之后再经过13,14,15号道路就能到达浅红市，城市的上面是沙湖乐园。这里的道馆是毒系的，道馆里有看不见的墙。馆主阿桔使用的怪兽为LV37瓦斯弹+LV39臭臭泥+LV37瓦斯弹+LV43双弹瓦斯，击败
后可以得到浅红徽章和TM06剧毒。
花500元进入上方的沙湖乐园，这里可以见到一些外面较罕见的怪兽，在乐园最深处和那里屋子里的人对话可以得到HM03冲浪，然后在房子右面可以找到道具假牙。
出来后和PC右边屋子里的园长对话可以得到HM04怪力，使用怪力推开屋里的大石头能得到一个奇异甜食。这时可以用飞天飞到华蓝市，换一辆自行车从左边走自行车路逛一圈，当然不走也可以。
接下来有两条路，飞回真新镇从下面用冲浪到红莲岛(推荐)，或者直接从浅红市下面往左冲浪，穿过双子岛后到达红莲岛。到达后发现这里的道馆门锁住了。
去岛左下角的研究室可以复活之前得到的怪兽化石，然后进入上面的精灵大宅，可以通过调查石像打开关闭的门，在最深处会得到道馆的钥匙。
接下来就可以进入道馆挑战了。道馆里的人使用的是火属性怪兽，答题的答案为：是，否，否，否，是，否。馆主夏伯的怪兽是LV42卡蒂狗+LV40小火马+LV42烈焰马+LV47风速狗。击败他后可以得到
火焰徽章和TM38大字火。
从道馆一出来，就会遇见正辉，他会邀请主角去1岛。答应之后坐船来到1岛，和精灵中心里面的工作人员对话后，他会拜托主角去2岛送陨石。同时地图也更新了。
坐船去2岛，来到右下角的游戏厅，进去后里面的NPC会让主角帮忙去3岛找他的女儿小迷。
于是再坐船去3岛，往上走就会发现一帮单车党在闹事，击败他们后和上方的小男孩对话得知小迷朝上面的绊桥去了。往上走经过绊桥，来到树果森林。
在树果森林的最左上角发现小迷，和她对话后野生的素利拍出现了，打倒素利拍救出小迷后回到2岛的游戏厅。再和小迷的爸爸对话，他会收下陨石然后给主角一个月之石。
再回到1岛，和精灵中心里的正辉对话后他会送主角回红莲岛，之后就可以在枯叶市坐船去123岛了。
用飞天回到常磐市，发现道馆已经可以进去了，馆主就是火箭队的坂木老大，它使用的怪兽为：LV45铁甲犀牛+LV50铁甲犀牛+LV44尼多后+LV45尼多王+LV42三地鼠，击败后得到绿色徽章和TM26地
震，再和他对话他会消失，然后在他脚下用探测仪可以得到竞争背心。
这下8个徽章都集齐了，可以去挑战精灵联盟了，从常磐市往左走去精灵联盟，但是路上还会遇到小茂，击败他后继续往左走。通过8道检查徽章的大门后来到了冠军之路。
利用怪力把石头推到机关上开启道路，穿过冠军之路然后就到了精灵联盟的大门。进去回复一下，补充好道具然后去挑战4大天王和冠军吧。
第一个是冰系天王科拿，使用的怪兽为：LV52白海狮+LV51铁甲贝+LV52呆河马+LV54乘龙+LV54迷唇姐
接下来是格斗天王希巴，怪兽是：LV51大岩蛇+LV53艾比郎+LV56怪力+LV53沙瓦郎+LV54大岩蛇
第三个是毒系天王菊子，所用怪兽为：LV54耿鬼+LV54大嘴蝠+LV56阿柏怪+LV53鬼斯通+LV58耿鬼
最后一个是四天王首领，龙系天王渡，他使用的怪兽为：LV56暴鲤龙+LV54哈克龙+LV54哈克龙+LV60快龙+LV58化石翼龙。战胜他后得知小茂已经先主角一步击败了四大天王，成为了冠军。
最后一战，对战冠军小茂，他使用的怪兽其中3只为：LV59比雕+LV59铁甲暴龙+LV57胡地。其余3只，如果玩家初始怪兽选择的是小火龙，则为LV63水箭龟+LV61椰树蛋+LV59风速狗。若选择杰尼
龟，则为LV63妙蛙花+LV59暴鲤龙+LV61风速狗。若选择的是妙蛙种子，则是LV63喷火龙+LV59椰树蛋+LV61暴鲤龙。
击败小茂后，大木博士会进来称赞主角一番，然后带主角荣誉殿堂。在记录下通关的队伍后会出现工作人员名单，之后系统会自动保存一次。
一周目结束
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