穿越吧主公所有的副本玩法都是游戏的中心剧情玩法,玩家也是根据游戏的主线任务进行玩法的不断研究,游戏是按照一定的剧情和故事情节相互关联而分为多个章节,而且每章又分为普通关卡、精英关卡和BOSS关等多种关卡,这也是玩家获得众多经验和获得士兵碎片、印绶等道具的主要途径。
每次的征战需要消耗一定体力,每次出战消耗1点体力。战斗失败可正常获得国力经验奖励,但其他的奖励就没有了。战斗胜利之后还有相关的战斗星级评价,如果通过该关卡的简单难度就获得一星评价,通过该关卡的普通难度可获得二星评价,通过该关卡的困难难度获得三星评价。
在通过关卡的困难难度后,就可以对该关卡的此难度进行直接扫荡,玩家等级到达15级就会开启扫荡功能。BOSS关最多可扫荡5次,普通关和精英关最多可扫荡10次。
通关一定章节后,将开启章节制霸,可获得制霸奖励,在制霸榜的前20名,可获得额外的奖励哦。