最终幻想3iPad版剧情方面也保持了原先游戏的设定，四名被水晶选上的少男少女，踏上了驱逐黑暗，让光明重回世界的冒险之旅。在本作中首次出现了能够随时根据状况变更当前职业的转职系统，以及能夠召唤出希瓦、巴哈姆特等召唤兽的召唤魔法，这些要素在之后的系列作品中也一直继承了下去，并且已经成为了系列的最大特色之一。

更新记录：

2016-01-19更新 v1.6.2

2016-12-20更新 v1.6.4

2017-05-26更新 v1.7.5